El canal du Midi acoge una amplia biodiversidad que constituye un importante corredor ecológico para el territorio. De hecho, aquí encontramos 280 especies animales y, al menos, 60 especies vegetales. VNF y sus colaboradores actúan día a día para protegerla con sus acciones de mantenimiento, restauración y acondicionamiento.
Una veintena de especies de peces viven en el canal du Midi. Estos están adaptados a las condiciones particulares del canal (escasa corriente, aguas turbias) y entre los que podemos encontrar la carpa, la brema y numerosos carnívoros como la lucioperca, la perca, el lucio y la lubina, e incluso el siluro en algunas cuencas. ¡Un paraíso para los amantes de la pesca! También se pueden encontrar moluscos como la anodonta (almeja de agua dulce) o la corbicula (tipo de berberecho), o algunos bratacios y reptiles como la culebra viperina, una excelente nadadora acostumbrada a las zonas húmedas.
Los árboles y las malezas, además de las plantas de las orillas (helófitas), constituyen hábitats para numerosas especies de aves, murciélagos y otros mamíferos, como el erizo o la rata de agua.
La biodiversidad se tiene en cuenta en todas las intervenciones de mantenimiento del canal y de sus orillas.
Desde 2008, Voies navigables de France pasó al «cero fito» y ya no utiliza herbicidas químicos a lo largo de su vía fluvial. Se suelen probar técnicas alternativas. La poda tardía a finales de verano o del invierno, es beneficiosa para las intervenciones más pesadas y garantiza el mantenimiento de las zonas de refugio para los animales y los insectos polinizadores.
El uso de «genio vegetal» favorece al máximo los trabajos de restauración de las orillas gracias a plantaciones de helofitos con raíces eficaces para luchar contra la erosión de las orillas: iris, juncos o juncias.
En 2017 Voies navigables de France (VNF) creó una red de seguimiento de la calidad del agua en colaboración con las agencias de agua. En las estaciones de todo el canal du Midi se suelen realizar campañas de extracción y análisis.
Los resultados son esperanzadores a pesar de algunos problemas puntuales. La calidad del agua puede estar degradada por los hidrocarburos procedentes de la red de carreteras (efecto de escorrentía) o de la navegación, los restos fluviales procedentes de las aglomeraciones, los nitratos y pesticidas de las actividades agrícolas, o incluso la desgasificación y los rechazos directos de aguas grises (limpieza) o negras (WC) de los barcos.
El uso de aceites y grasas biodegradables está generalizado por todas las obras del canal y la flota de motores hidráulicos (palas, graguas...). Además, VNF lucha contra la contaminación accidental de hidrocarburos (desgasificación o averías de barcos...) ayudándose de la intervención de los bomberos o con su propio material (presa, filtros que absorben los hidrocarburos...).
VNF y los grupos actúan juntos para limpiar el canal de forma regular. Por su parte, VNF se encarga de evacuar los desechos más pesados, los vertederos salvajes y los restos de los barcos.
VNF junto con los gestores de los puertos, los grupos y las agencias del agua tienen un programa para crear una treintena de estaciones de vaciado a lo largo del canal (una cada 20-30 km) y así, recuperar las aguas usadas de los barcos.
Algunos puertos también pueden tener la bandera azul : Carcassonne, Castelnaudary, Toulouse.
Un sitio gestionado por Voies navigables de France en colaboración con los miembros de la Entente
para el Canal du Midi y sus operadores turísticos